超我与本我之间永远都在冲突。但这些冲突本身并不会导致发病，或变成外显的心理矛盾，因为自我会平衡这些冲突。
一、人格的三层结构：本我、自我和超我
弗洛伊德在他的精神分析理论中提出人格的三层结构。他认为每个人的人格都由三部分组成：本我、自我和超我。
打个比方说，一个婴儿要爬着去拿一把剪刀，母亲看到了或者把剪刀拿走，或者把婴儿抱走。在这个婴儿的心中，要拿剪刀可以看做是一种对外界探索的力比多的释放，这是本我的想法和目的，但是被外界阻断了，于是这个投注过程失败，婴儿就会产生失败感，也就是力比多被压抑了。
在多次发生类似的事情后，婴儿就会建立起一个规则，哪些东西不能碰，这些事情不能做，这些规则会在婴儿内心产生一个内心妈妈（这里的妈妈只是一个代指，并不是生理上的妈妈），这个内心妈妈会在外部妈妈不在场时也会制止本我去做这类事情。而这个内心妈妈在人格上就是超我，它是外部规则和道德的集合体，也是社会文化的产物。
二、本我与超我的冲突导致心理冲突
在本我和超我之间，用来协调二者关系的就是自我，那个代表个体本身的内部形象。如果本我发出了超我不允许的需求，则自我会压抑本我不实现这个需求。但是如果超我过于强大（即规则管制过多），则本我的力比多和攻击力无法向外投注，如果自我不能协调这部分被压抑的力比多和攻击力（比如转移、象征等），就会产生心理冲突。
在弗洛伊德的治疗案例中有一个女子患有癔症，在弗洛伊德的自由联想下，她回忆起10岁时发生的一件让她屈辱的事情，对于这个案例中的女子而言，本我对于这种屈辱要去告发让对方付出代价，但是超我则抑制本我的这个需求，认为如果告发会引发不良后果。但自我无法让这份屈辱有一个转化的出路，所以只能将这个感受压抑到潜意识中。当有类似的可以让她联想到这份屈辱的事物出现时就会采用癔症的症状来表达。
这个案例可以清楚地说明本我与超我的冲突，如果自我不能协调和平衡二者时，心理冲突就会产生，而产生的这个冲突对于不同的人则是不同的表现。有的人可能是躯体化，比如得了某种心因性疾病（比如，没有任何器质性病变的器官功能失能或紊乱），有的人可能是情绪上无法控制（比如歇斯底里）等。
在精神分析理论中，也可以说在弗洛伊德的理论框架下，本我更多代表生物的自我，本我的力比多和攻击力要选择投注，以追求个体的满足感。所以本我遵循快乐原则，以简单的愉悦为目标。
超我则更多代表规则和道德，因此是对个体的一种约束。自我则是本我和超我之间的平衡体，在本我和超我之间进行协调，同时将本我的这些需求转化（转变为超我允许的形式，比如随便打我是不允许的，但是打坏人是允许的）或者转注（比如，随便与他人发生性是不允许的，但是和自己的爱人发生是允许的）。这种协调关系的动态平衡就像在《危险方法》中弗洛伊德说的那句话，要让人们知道现实就是这样，认清自我和社会，并遵从规则才是健康的人格表现。
超我与本我之间永远都在冲突。但这些冲突本身并不会导致发病，或变成外显的心理矛盾，因为自我会平衡这些冲突。换句话说如果一个人的自我调节能力足够强，则人格的健康程度就够好（在精神分析理论中绝对健康的人格是不存在的）。
三、人格的发展就是自我的发展
当一个人的自我不够强大时，就无法协调超我和本我之间的冲突。在这种情况下，这些冲突就会外显为症状。如果这些冲突大到自我彻底被摧毁或掩盖，就发展为精神性病患，如人格障碍或精神分裂症。
因此可以说在精神分析理论框架下，人格的发展就是自我的发展。只有一个强大的自我才能容纳本我的力比多释放和超我的力比多压抑之间的痛苦。否则如果超我过于强大，本我的力比多无法得到释放，则被超我压制后压抑在自我层面。当这种压抑多到自我无法控制时就会集中爆发，就会有极大的破坏力。
自我不仅是本我与超我之间的协调官，也是各种客体关系的内在组织者和发起人，同时更是那些无法投注的驱力的容纳者和避难所。那些无法向外投注的驱力（也包括认同的部分）在自我的庇护下，要么在适当的时机或对象（客体）来临时被正确投注到外部，要么在自我的干预下进行升华，也就是象征化，即驱力的投注方式被转化为与超我不冲突的方式。
从这个角度看精神分析，不是帮助人们去除他（她）的痛苦，而是让他（她）的自我强大到可以容纳这些痛苦，不会因为这些痛苦而影响当下的幸福生活，做到放飞心灵，活在当下。
因此，人格的成长不是弱化本我，也不是增大超我。不是也不能是“存天理，灭人欲”，更不是“今世受苦受难，来生往登极乐”，而是让自我变得更强大。
但自我的成长必须在与他人（在客体关系理论中被称为客体）的互动关系中进行，因此精神分析理论认为，人格的问题（心理冲突或心理疾病）是在关系中形成的，也必须在关系中修复。因此在精神分析的理论框架中，终其一生一个人的人格发展有三种互动关系是非常重要的。一个是早年的与父母亲的关系互动；另一个是与异性建立的亲密关系的互动；还有一个就是在心理咨询中与咨询师的关系互动。